本校課程與學程之規劃：

• 本校特別重視跨領域人才之培育，過去先後設立及實施跨領域之學程，包括「航空機械維修學程」、「航電學程」、「水產自動化學程」、「生物技術學程」、「海洋生物學程」、「漁業科學學程」、「環境生物學程」、「奈微米科技學程」、「電子商務學程」、「機電整合與控制學程」、「英語學程」、「光電物理學程」、「海洋環境資訊學程」、「地理資訊應用學程」。並於93學年度上學期之校級課程委員會全盤檢討各個學程之實施現況成效，除特別獎勵補助重要及實施成效較佳之5個學程，並於94學年度增設「管理學程」。
• 本校對實施成效較佳與較為重要及特別需求之學程，特別核撥額外之教師名額，以延聘專任教師充實教學內涵，至目前包括「生物技術學程」、「奈微米科技學程」、「電子商務學程」及「英語學程」，均提供一名額外之教師員額。
• 目前學程實施成效良好，歷年來獲得學程證書(修得學程之學分數至少20學分) 之學生已達300名以上。
• 自93學年度第1學期校級課程委員會進一步檢討各種學程之實施現況，並因應新成立之系所發展方向及現有系新調整之發展方向，經通盤檢討與評估，並考量現有之教師人力與學校資源，避免設置之學程與後來經過調整或新增系所課程有所重疊，本校自94學年度起將以下列學程列為發展重點，並給予較多之資源補助。重點學程分列為「奈微米科技學程」、「生物技術學程」、「海洋生物學程」、「英語學程」及「管理學程」。
• 自94年度教學卓越計畫執行後，除了改善全校整體的教學環境，亦增設與改善各學程之教學相關設施及環境，使各跨領域學程得以並重實務教學及實驗操作，提昇教學品質與效能。
• 本校因應目前我國造船工程師大量缺乏之狀況，去年(94年)在業界與本校共同討論下，由本校整合系統工程暨造船學系以及輪機技術系之師資並延聘三位業界富經驗之專業工程師共同開設造船學程，並由業界每年提供充足且無義務之獎學金(今年95萬)，以鼓勵本校同學修習造船學程。
• 本校利用教學卓越計畫，推動產學交流課程改善計畫，深入瞭解產業脈動，強化本校課程規劃。

本校95年度執行成效：

• 今年(95年)修習造船學程之同學已超過30名，符合請領獎學金之同學共9名，總共頒發獎學金金額32萬元，已於95年11月3日發給同學。
• 管理學程於95年度強化與產業之合作，與陽明海運及快桅共同辦理徵才，並規劃高階論壇與各項專題演講。
• 奈微米科技學程部分，主要順應光電、半導體與生醫等國家科技與產業發展趨勢，引領學生學習理論與實驗艱鉅的跨領域課程，整合教學空間建立共用實驗室，並鼓勵學生參加專題研究計畫，使學生具備專業研究與實務操作能力，培養跨領域所需之基礎科技人才；此外，於執行過程中定期邀請光電、半導體與生醫產業界人事檢討學程之課程設計。
• 光電物理學程之課程內容涵蓋政府兩兆雙興計畫中的年產值超過兩兆產業「半導體」與「光電顯示」，因應就業市場需求。
• 本校目前規劃可修習之次專長學程資料(院級跨領域學程)，如下表：
• 為加強產學互動與國際化，以及增進學生競爭力與就業能力，本校教務處特訂定「國立臺灣海洋大學民間贊助產學講座設置及作業要點」，已經95學年度第2學期第1次教務會議通過，並已陳請校長核定發布實施。
• 為強化課程與產業之連結，增進教師專業成長，於95年度特執行18場卓越大師講座、64場產學交流、3名隨船見習教師實習、12場長榮講座、54場陽明講座及14場台航講座。