合理的選課機制並建立以學生為主體之選課機制
本校之選課機制：
本校實施四階段的選課機制，包含前學期末二次與當學期二次，前三次皆為學生自行上網選課，第四次為人工加選。
學生選課機制分為電腦網路選課及人工選課作業兩部分。
- 選課機制：
電腦網路選課係依據「國立臺灣海洋大學選課辦法」辦理，分三階段進行，第一階段電腦預選，約在期末考前四週辦理，第二階段選課在期末考前一週進行，第三階段選課在次學期開學當週進行。在第一階段電腦預選作業截止後，選課人數若超出人數上限，將作電腦抽籤處理，由學生上網電腦抽籤。 - 人工選課作業部分涵蓋：
校際選課、人工特殊登記作業及期中退選。學生如無完成選課程序，或選課時間結束後學分數低於下限，不符選課規定最低應修學分數之處理原則：專函通知學生家長轉告學生於期限內至校辦理，逾期仍未辦理則以勒令休學議處。
- 課務組於每學年第一學期開學一週內舉辦「選課說明會」，輔導學生 (以新生為主要對象) 瞭解選課系統與選課流程；並於課務組網頁建立選課問題之FAQ，設立留言版由專人答覆各種關於選課與修課之問題。各系所於新生入學階段舉辦針對該系所之「選課說明會」，解說修課之相關問題。
- 由各系專人、導師及其他老師輔導學生作課程之選修。另外亦強制各老師必須將課程大綱上網，以方便同學在選課之前對課程內容有所瞭解。
- 學習促進：自94學年度開始實施「學習促進」課程。 本課程以一學期之時間，利用每週四下午最後二節課時間，安排校長、教務、學務、總務、圖書館、電算中心、各學院院長、系主任、導師，以及大型演講課目時段，分別與全體新生以座談、活動方式，進行雙向溝通，協助學生瞭解校內各處室之業務，得以迅速獲得最佳諮詢與協助。
- 選課流程之改善：除了各系所助教及系學會學長姊擔任輔導選課工作，亦於大一學習促進課程中進行。如發生有不合時宜之情形，則透過教務會議修改選課辦法。同時利用網路資源，採用互動式網路資源系統，查詢各系、所開授之課程。
- 自93學年度下學期開始推動網路輔助教學之措施，並由學校補助經費協助老師將教材上網，做為輔助教學之有效工具，以提昇教學品質與效率。
- 採用Moodle平台，積極推廣網路教學，逐步建置校園數位學習的環境，奠定發展遠距教學的穩健基礎。